據報道，在深圳日進行的違法建筑分類處理試點活動中，該市的部分小產權房得到了確權頒證。但事實上這個報道在細節上并不太準確，因為深圳市官方并不認為這房屋是小產權房。其實這些“違法建筑”是依據該市《關于農村城市化歷史遺留違法建筑的處理決定》，根據違法建筑的“違法程度”，分別給予確權、臨時使用、拆除或沒收等不同處理，而且得到確權的只是少數。換個角度說，深圳對這些房屋的“確權”并不等于為小產權房的“正名”，對小產權房違法性質的認定并沒有得到改變。

而且，據報道，原村民符合“一戶一棟”原則的私房，建筑面積在480方米以內，按申請補繳對應公告基準地價的10%，即可轉為商品性質的房產證，而如果是多棟中的兩棟符合規劃的，則需補繳20%和25%地價以及不同罰款，才可得到相同待遇。也就是說，無論如何稱呼，這些房屋要得到確權都必須先補繳地價，這也意味著政府在維護而不是突破當前的國家土地法規。

國土部曾經多次明確表示，小產權房屬于違法用地，不得確權登記發證，而深圳官方對“小產權房”的否認，在法律上也說得過去。通常認為小產權房在農村集體土地上建設的未繳土地出讓金等費用、產權證不是國家房管部門頒發的房屋，而深圳已在2004年至2006年間，將轄區內全部農村集體土地一次性轉為國有土地。所以，深圳的確權并不意味著小產權房政策的任何突破，對于土地政策完全不同的其他地區來說，借鑒意義也非常有限。但是，深圳的做法也只不過是讓小產權房在名號上變成了“違法建筑”，并沒有解決其背后根深蒂固的實質性矛盾，而該市對這個問題的解決仍在繼續博弈之中。

小產權房屢經政府明示為非法并加以整頓，但卻依然廣泛存在的原因之一是，農民和作為購買者的城市居民其實從名義上的違法中，獲得了一個突破國家對建設用地市場的壟斷的機會并從中獲利。在將農村土地國有化過程中，很多地方的農民并未得到合理補償，這誘使農民以小產權房方式彌補損失，并與城鎮居民形成巨大的供需市場，當然也伴隨著“法外之地”交易的巨大風險。

而深圳的特殊之處是，深圳最初用地壓力大而外地勞工多，因而放寬農民的住房建筑限制，以此為外地勞工提供居所，達到政府與民間的多贏格局，但這后來帶來了一個繁榮的小產權房市場和從中受益的龐大的本地農民群體，還出現了從農民到開發商再到購房者、投資者的巨大產業鏈，形成利益群體，這導致對小產權房單純的“清理”已不可行，需要找到某種方式來在法律和照顧該群體利益之間找到衡。于是深圳就出現了以清理違法為名而實質上為一些房屋確權的做法。

深圳對小產權房的處理方式至少說明，來自民間的博弈力量已經迫使政府不得再固守法條，而必須找到現實的解決出路，但是，深圳的做法因具體情勢特殊而很難產生標本意義，因為把農村集體土地全部直接改為國有土地在其他地方基本不可行。但總體的思路仍然應該是宜疏不宜堵，在法律執行上放民間一馬，對不違反城市規劃的小產權房，在補辦手續、補繳費用后確認和保護產權。最終在制度上必須實現農村集體建設用地的入市流轉以及和國有土地的同權同價，即使目前做不到這一點，也必須更合理地分配集體土地的增值收益，為小產權房難題的最終解決創造順暢條件