應用軟件系統包括以下三個層面的功能：
1、新型農村合作醫療統一集成門戶臺 門戶臺是整個新農合信息系統的統一入口，需要了實現各級新農合業務管理系統與其他相關的衛生行政管理系統的業務集成，實現各類新舊應用系統和異構系統的業務流程整合與業務數據的集成，完成權限統一控制、業務交互、補償公示、信息交互等一系列功能。
2、新型農村合作醫療業務綜合處理臺 集中管理各級農民健康信息和新型農村合作醫療信息，實現人的整個生命周期健康信息的完整記錄；采用統一規范化、標準化的設計，實現農民的合作醫療參合管理、各類疾病補償管理、新農合基金的統籌管理、財務會計核算、綜合統計與查詢、動態配置與維護等。
3、新型農村合作醫療統一數據中心管理臺 數據中心管理臺實現多數據源存儲與管理，各類數據采集，異構數據統一交換等，建立各級新型農村合作醫療基礎數據交換臺和建立統一的新型農村合作醫療信息數據庫，集中存儲管理和利用農民健康信息和新型農村合作醫療信息。
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在整個醫療衛生信息臺的數據交換基礎上，實現各級新型農村合作醫療管理與經辦機構、各級醫院、農村衛生服務機構之間醫療衛生信息共享，實現農村群眾在各級醫院看病時，能夠直接獲取補償, 為各級領導提供完整的農民健康信息、疾病信息和新型農村合作醫療信息，為領導決策提供數據支持。
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