開發區、房地產行業以及鋼鐵電解鋁水泥等固定資產投資項目的過快發展發生了大量占用耕地的情況。鑒于此，2003年11月，國土資源部下發《關于進一步采取措施落實嚴格保護耕地制度的通知》(國土資發[2003]388號)，進一步嚴格實施土地利用規劃和計劃，從嚴控制用地規模。

我國有關耕地保護的文件與政策

文件的核心就是“三個不報批、一個從嚴”，即凡是不在土地利用總體規劃確定的建設用地范圍內的各類開發區(園區)和城市建設用地，一律不報批;凡是沒有土地利用年度計劃指標的，一律不報批;凡是沒有通過建設項目用地預審的，一律不報批。從嚴審查城市總體規劃修編確定的建設用地總規模，超過土地利用總體規劃確定的建設用地總規模的，不予通過審查，嚴格控制規劃修改和調整，嚴禁擅自修改和調整規劃。

嚴格執行基本農田保護制度：一是不準除法律規定的國家重點建設項目之外的非農建設占用基本農田;二是不準以退耕還林為名，將原(壩)地區耕作條件良好的基本農田納入退耕范圍，違反土地利用總體規劃隨意減少基本農田面積;三是不準占用基本農田進行植樹造林，發展林果業;四是不準以農業結構調整為名，在基本農田內挖塘養魚和進行畜禽養殖，以及其他嚴重破壞耕作層的生產經營活動;五是不準占用基本農田進行綠色通道和綠化隔離帶建設。

同時，針對地方政府違規下放建設項目用地審批權，要求嚴把建設用地審批關，對新的非農建設用地項目實行“六不報批”政策：即對土地市場秩序治理整頓工作驗收不合格的不報批;未按規定執行建設用地備案制度的不報批;城市規模已經達到或突破土地利用總體規劃確定的建設用地規模，年度建設用地指標已用完的不報批;已批準的城市建設用地仍有閑置的不報批;未按國家有關規定進行建設用地預審的不報批;建設項目不符合國家產業政策的不報批。

加強批后實施監管，將各類開發區違反土地利用總體規劃用地的行為，作為治理整頓和執法監察的重點。對被撤銷停辦的開發區(園區)，堅決依法收回并及時處置其所占用的土地;對應該核減面積的開發區，要堅決核減面積;對整改后確需要保留的開發區(園區)用地，要嚴格審核，從嚴控制用地規模。對開發區(園區)違反土地利用總體規劃圈占、圈而未用的土地，要限期復耕或者恢復原用途;對已經開發建設而不能復耕或恢復原用途的，從所在區域土地利用總體規劃剩余建設用地指標中核減違反土地利用總體規劃占用的建設用地指標。對開發區(園區)已經依法批準但由于建設條件、項目資金不落實等尚未開發建設的，要抓緊依法收回土地。

五部委聯合組成10個督查組，對全國31個省(區、市)土地市場秩序治理整頓工作進行全面督查。到2003年年底，土地市場秩序治理整頓取得重要成果：各地停止審批設立新的開發區和開發區擴區;查清原有各類開發區6015個，已撤銷3763個;各地發現土地違法行為17.8萬件，立案查處12.7萬件，結案12.4萬件，罰沒款12.2億元，收回土地面積5878.4公頃。有925人被依法給予黨紀政紀處分，132人被依法追究刑事責任;排查出違規出讓經營性土地使用權2822宗，有效規范了現有土地使用權出讓行為。

2004年3月30日，作為土地市場治理整頓的一個重要內容，國土資源部和監察部聯合下發了《關于繼續開展經營性土地使用權招標、拍賣或者掛牌出讓隋況執法監察工作的通知》(國土資發[2004]71號)，要求各地繼續做好經營性土地使用權招標、拍賣或者掛牌出讓執法監察工作，全面推行并嚴格執行經營性土地招標、拍賣或者掛牌出讓制度，建立健全具體制度和操作規范，認真糾正和嚴肅查處土地出讓中違規操作的問題和違紀違法行為。在這個文件中，明確了2002年7月1日《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規定》(國土資源部令第11號)實施后協議出讓土地中的歷史遺留問題必須在2004年8月31日之前處理完畢，否則土地管理部門有權收回土地。側重從監督檢查和對違法案件的查處角度推進落實經營性土地招標、拍賣或者掛牌出讓制度。

針對一些地方政府和部門規避法定的農用地轉用和土地征收審批及繳納有關稅費，“以租代征”，即通過租用農民集體土地進行非農業建設，擅自擴大建設用地規模，不落實耕地占補衡法定義務，干擾建設用地管理秩序的狀況。2005年8月22日，國土資源部下發了《關于堅決制止“以租代征”違法違規用地行為的緊急通知》(國土資發[2005]166號)，要求用于農林開發的農民集體土地不得擅自改變土地用途，將農用地轉為非農業建設用地。

對于進行農民集體建設用地流轉試點和征地制度改革試點只限定在試點地區。以轉讓、出租、作價人股等方式進行農民集體建設用地流轉試點的，必須是已經依法批準為建設用地的農民集體所有土地;必須符合土地利用總體規劃及城市(村莊和集鎮)規劃;必須按規定經農村集體經濟組織和農民的同意;必須按規定簽訂流轉合同，報縣級以上國土資源部門批準后，辦理土地變更登記手續。